W trakcie pierwszej, konsultacyjnej wizyty, periodontolog ocenia stopień zaawansowania choroby i określa cele leczenia. Wspólnie z Pacjentem ustalane są etapy leczenia. Wstępem do bardziej zaawansowanych zabiegów jest specjalne, niechirurgiczne oczyszczenie powierzchni korzeniowych nazywane scalingiem i wygładzaniem powierzchni korzeni zębów. Ma ono na celu usunięcie złogów płytki bakteryjnej i kamienia z powierzchni zębów, a przede wszystkim – z ich korzeni. Zabiegi te pomagają w gojeniu się dziąseł oraz spłycaniu się kieszonek przyzębnych.
Na kolejnej wizycie (najczęściej po 1-6 tyg. od pierwszej wizyty) lekarz sprawdzi głębokość kieszonek przyzębnych, żeby ocenić skuteczność leczenia wstępnego i wykonać ewentualne korekty. Na tym etapie w wielu przypadkach okazuje się, że uzyskano remisję choroby przyzębia i pacjent nie wymaga dalszej aktywnej terapii, tylko postępowania podtrzymującego (tzw. profilaktyki wtórnej!). Jeśli jednak kieszonki przyzębne są głębokie i występuje ubytek tkanki kostnej lekarz może zdecydować o leczeniu chirurgicznym, mającym zapobiec utracie zębów.
Zabiegi chirurgiczne na przyzębiu (tzw. zabieg płatowy, kiretaż otwarty) wykonuje się, aby usunąć zapalnie zmienione tkanki oraz spłycić ubytek kości. Dostęp chirurgiczny umożliwia lekarzowi dotarcie do trudno dostępnych miejsc poniżej brzegu dziąsła i powierzchni korzeni zębów oraz uzupełnienie brakującej tkanki kostnej za pomocą materiału kościozastępczego lub białek matrycy szkliwnej.